Re: PSDデータで使用するためパスで切り抜いて、描画部分以外を透明で使用していたのですが、入稿の都合上EPSにする為統合すると同一レイヤー上の一部のベタ部分が100％から93％に濃度がさがってしまいます。統合前のレイヤーは一つです。原因がわかる方教えていただけないでしょうか。

開く際にプロファイル変換がかかり、カラーアピアランスを維持するためにカラー値が変更されたものだと思います。

編集＞カラー設定　を「プリプレス用-日本2」にした状態で、新規ファイルを作成してCM100%のデータを作り、EPS保存した上で開いてみていただけますか。これでCM100%のままでしたら、プロファイ ルの扱いが違っているのだと思います。

開く際に、赤枠の「次にファイルを…」にチェックが入っていないでしょうか。